シダ植物がどのように進化してきたかについては、不明な点が多い。自然大好きに関連する解説をすると、緑藻類のどれかに起源があるものと思われる。シダとコケの関係についても、諸説がある。シダにおいて、前葉体から幼い植物体が生長を始めるところと、コケにおいて植物体から胞子のうが伸びるところとは相同であると見られるが、自然大好きについて言えることは、これを共通の祖先から別れたと見るか、どちらかからもう一方が進化したと見るか、それぞれに支持するものがいる。また、シダ植物が多系統である可能性も指摘される。いずれにせよ、シダ植物は大きく小葉類と大葉類に別れる。前者からはマツバラン類とヒカゲノカズラ植物門が生き残り、後者からはシダ植物門とトクサ植物門、それに種子植物が進化してきたと考えられている。