微胞子虫（びほうしちゅう）とは動物に寄生する単細胞性寄生虫の一種である。かつては粘液胞子虫（現在は多細胞動物起源とされる）とともに原生動物胞子虫、あるいは極嚢胞子虫に入れられたが、現在では独立な分類群と考えられている。キチンなどからなる細胞壁に包まれた胞子として宿主に感染し、内部にホースのように巻かれて収まっている「極管」が出てきて標的の細胞に刺さり、細胞内寄生する。菌類の多くでみられるように細胞核が細胞内に2つある（複核）こともある。鞭毛などの運動器官もない。寄生虫としては昆虫（ミツバチの微胞子虫病など）、甲殻類や魚類に寄生して病気を起こすものが知られる。また哺乳類でもウサギに脳炎を起こすものなどが知られる。ヒトに関しても報告例がわずかにあり、免疫力が低下した状態では病原体となるおそれがある。ミトコンドリアがないことなどから、最も原始的な真核生物と考えられたこともあるが、現在では接合菌などに近い菌類が寄生生活に適応してミトコンドリアを失ったものと考えられている。